Vzroki atentata še vedno niso razjasnjeni, obstaja pa mnogo govoric in domnevanj, kdo je atentat načrtoval. Po trditvah nekaterih preiskovalcev naj bi za atentatom na papeža sodelovali bolgarska in sovjetska tajna služba.
Papeža so takrat s hudimi poškodbami trebuha odpeljali v bolnišnico v Rimu. Papež, ki je v bolnišnici ostal kar tri mesece, je nekaj let po atentatu Agco obiskal v zaporu in mu odpustil, marca 1999 pa se je zavzel za njegovo pomilostitev. Tedanji italijanski predsednik Carlo Azeglio Ciampi je 13. junija lani Agco pomilostil in še isti dan so ga izročili Turčiji. Leta 1997 je papež v poljskem mestu Zakopane uradno razglasil za čudež dejstvo, da je preživel v atentatu in ob tej priložnosti Devici iz Fatime, ki naj bi atentat napovedala že leta 1917, posvetil tamkajšnjo cerkev.
Takoj po atentatu so se pojavile govorice, da je Agca desni skrajnež in član islamskega združenja, ki želi odstraniti papeža, kasneje pa, da je napad naročila bolgarska tajna obveščevalna služba, da bi pokvarila odnose med Turčijo in zvezo NATO. Agca je namreč pred tem dalj časa živel v Bolgariji. Turške oblasti pa so za atentat obtožile turško mafijo in desničarske skrajneže Sivi volkovi, ki naj bi Agci za atentat na svetega očeta obljubili več denarja. Vodja Delavske stranke Kurdistana (PKK) Abdulah Oecalan je leta 1998 papežu pisal pismo, v katerem je razkril svojo resnico o napadu Turka Alija Agce na papeža maja 1981. Ali Agca po Oecalanovih besedah nikdar ni povedal resnice, papeževega atentatorja pa je iz turškega zapora osvobodil general Nurettin Ersin, eden izmed ključnih mož v državnem prevratu v Turčiji 12. septembra 1980.
Papež, ki bo 18. maja letos praznoval 81. rojstni dan, dvajset let po atentatu še vedno potuje po svetu. Nedavno je v okviru obiska v Siriji kot prvi papež v zgodovini obiskal mošejo. Na Golanski planoti, enem izmed žarišč spora na Bližnjem vzhodu, pa je molil za mir. Kljub vidni utrujenosti in Parkinsonovi bolezni junija že načrtuje potovanje v Ukrajino, septembra pa v Armenijo.
