Očitku, da deluje samovoljno in ne izvaja strokovno utemeljenih sklepov upravnega odbora Arnesa, Bonač pritrjuje v treh točkah. Res je, da se ni strinjal z visokim povečanjem sejnin, ki so si jih na svoji prvi seji izglasovali člani upravnega odbora v novi sestavi, prav tako se v času pogajanj med vlado in Telekomom v oktobru ni vzdržal polemik v medijih glede pogajanj, saj je ocenil, da so nekatere točke v pogodbi za vladno stran neugodne. Prav tako ni ugodil zahtevi upravnega odbora, naj podpiše pogodbo s Telekomom za uvedbo številke 0880. S tem bi namreč Arnes od Telekoma prevzel za več sto milijonov dodatnih finančnih obveznosti, pojasnjuje Bonač.
Zavračanje uvedbe številke 0880, ki bi uporabnikom omrežja Arnes omogočila približno za polovico cenejši dostop do interneta, Bonač pojasnjuje z besedami, da bi uvedba te številke pomenila, da bi moral Arnes namesto Telekoma izstavljati in izterjevati plačila telefonskih računov za vse uporabnike, ki dostopajo do Arnesa preko telefonskega omrežja (približno 35.000). To pomeni, da bi moral Arnes skleniti pogodbe z vsemi temi uporabniki, med katerimi so večinoma otroci, poleg tega pa kupiti posebno opremo za natančno spremljanje uporabe telefonskega omrežja. Hkrati bi riziko neplačil obremenil državni proračun.
Bonač tudi zanika, da bi bil on sam odgovoren za to, da zavod še nima sprejetega finančnega načrta za leto 2000, saj ga je upravni odbor Arnesa v stari sestavi obravnaval že 23. decembra 1999. Prav tako je bil decembra 1999 pripravljen tudi načrt dela in razvoja zavoda in ga je strokovni svet Arnesa še isti mesec tudi sprejel. Ob tem direktor Arnesa zanika, da bi določene postavke v predloženem finančnem načrtu močno odstopale od dejanskih vrednosti, pojasnjuje pa tudi strukturo stroškov za izobraževanje, potovanja in delo preko študentskega servisa, ki naj bi bili po oceni upravnega odbora v primerjavi s podobnimi akademskimi omrežji neprimerno visoki.
