Michael je večno zvestobo obljubil na prestopni dan, tako da bo lahko prvo obletnico proslavil šele čez štiri leta.
Michael in Morgan, ki je knjižna recenzentka in romanopiska, sta pred oltar stopila po štirih letih zveze, prvič pa sta se skupaj v javnosti pojavila na podelitvi emmyjev leta 2012. Zanj je to že tretji zakon. Večni da sta izrekla v newyorški mestni hiši, po besedah virov pa je bila ceremonija zelo preprosta.
Pred Morgan je bil zvezdnik poročen s svojo televizijsko sestro iz serije Dexter Jennifer Carpenter, ki je bila ob njem tudi, ko je leta 2010 zbolel za Hodgkinovim limfom. Ločila sta se leta 2011, v seriji pa še naprej sodelovala vse do njenega konca leta 2013. Med letoma 2002 in 2007 pa je bil Michael poročen z igralko Amy Spangler. Par se je spoznal med delom pri broadwayski produkciji muzikala Chicago.
Opozorilo: 297. členu Kazenskega zakonika je posameznik kazensko odgovoren za javno spodbujanje sovraštva, nasilja ali nestrpnosti.