Doslej so se vedno znova pojavljala poročila, ki so govorila o stotisoč ali celo do treh milijonih žrtvah inkvizicije, neodvisni znanstveniki pa so že dlje časa opozarjali, da so to prevelike številke. Agostino Borromeo, italijanski zgodovinar, je danes predstavil knjigo, ki je pravzaprav poročilo o strokovnem seminarju na temo inkvizicije; ta je potekal leta 1998 v Vatikanu, na njem pa so sodelovali tudi nekatoliški zgodovinarji.
Po besedah Borromea je v okviru celotne španske inkvizicije potekalo 125.000 procesov katoliške cerkve. "Na teh je bilo izrečenih kakih 1,9 odstotka smrtnih kazni," je dejal. To pomeni, da je bilo v Španiji izrečenih 2400 smrtnih kazni. Na Portugalskem pa je potekalo približno 35.000 procesov, od katerih se jih je 5,7 odstotka končalo s smrtjo obtoženca. Čarovniški procesi so bili medtem predvsem v Nemčiji široko razširjeni, v veliki meri pa so potekali tudi na protestantskih območjih.
Z inkvizicijskimi procesi se je katoliška cerkev v srednjem veku s pomočjo mučilnih naprav in grmad borila proti resničnim in osumljenim odpadnikom in krivovercem ter domnevnim čarovnicam. Papež Inocencij IV. je leta 1252 uradno dovolil izsiljevanje priznanj z mučenjem. Inkvizitorji so se imenovali Domini Canes - Gospodovi psi. V Španiji in Italiji so inkvizicijo uradno odpravili šele v 19. stoletju.
Papež Janez Pavel II. je v jubilejnem letu 2000 v svojem priznanju krivde za grehe katoliške cerkve v njeni 2000-letni zgodovini (mea culpa) molil za odpuščanje za inkvizicijo in druge napake cerkve, kot so križarske vojne in preganjanje Judov.
