Ker vsi učinki genetsko spremenjene hrane na zdravje še niso znani, so v številnih državah zaceli razmišljati o tem, da bi vsem, ki iz različnih razlogov take hrane nočejo uživati, zagotovili možnost izbire. V Evropski uniji zakonodaja že zdaj zahteva, da so gensko spremenjena živila, označena.
O prisotnosti gensko spremenjenih živil v slovenskih trgovinah lahko le ugibamo, saj njihovo označevanje ni obvezno. Kljub temu so na Inštitutu za biologijo v Ljubljani že pred enim letom pričeli s testiranji. Dr. Jana Žel je za 24 ur povedala, da to pomeni, da določajo odsotnost oziroma prisotnost ter odstotek gensko spremenjenih organizmov. Trenutno to delajo za sojo in koruzo, za ostale gensko spremenjene organizme, ki so na tržišču, pa to šele razvijajo.
Testiranja naročajo predvsem podjetja iz živilske industrije, o podrobnostih analiz pa potrošniki ne moremo izvedeti prav ničesar, ker so poslovna skrivnost. Kot pravi Žanova so vzorci, ki jih dobijo v analizo, označeni z določenimi šiframi, tako da ne vedo, kakšen vzorec dobijo. Lahko gre naprimer za vzorec, ki ga podjetje preizkuša kot svojo surovino. Kljub temu Žanova poudarja, da prisotnost gensko spremenjenih organizmov potrdili le v nekaj primerih, večina analiz pa je bila negativna.
Posamezni slovenski proizvajalci so začeli na lastno pobudo označevati svoje izdelke, ki naj ne bi bili gensko spremenjeni. Ker pa še ni neodvisnega nadzora, s katerim bi preverjali verodostojnost oznak, so takšne oznake proizvajalcev dejansko brez objektivne vrednosti.