Progres M-46 je po združitvi z modulom Zvezda, ki je na ruskem delu Mednarodne vesoljske postaje (MVP), peti stalni odpravi na MVP dostavil 2580 kilogramov tovora. Vesoljski "tovornjak", osmi na MVP doslej, je pripeljal raketno gorivo, opremo za znanstvene poskuse, hrano, vodo, zrak, pošiljke za posadko in ladijsko dokumentacijo.
Med 33. in 34. obkrožitvijo Zemlje so na Progresu M-46 izvedli poseben test radiotehničnega sistema za zbližanje kurs. Prav to naj bi bil razlog, da je do MVP namesto običajnih dveh dni potoval tri dni.
Na MVP je od 7. junija peta glavna posadka, ki jo sestavljajo ruski poveljnik Valerij Korzun, ladijska inženirja Sergej Treščov in Peggy Whitson. V vesolju bodo predvidoma štiri mesece in pol.
