V agenciji, ki jo mora Slovenija ustanoviti tudi na podlagi zaveze v pogajalskih izhodiščih z EU, bodo združeni trije sedanji organi v sestavi okoljskega ministrstva. Gre za Upravo RS za varstvo narave, Hidrometeorološki zavod RS in Upravo RS za geofiziko. Namen ustanovitve agencije je racionalizacija poslovnih procesov v smislu boljše organizacijske in informacijske uspešnosti in učinkovitosti. Naloga agencije bo namreč skrb za varstvo zraka in tal, presojo vplivov na okolje, varstvo pred hrupom, ohranjanje narave, gospodarjenje z vodami, podeljevanje koncesij za rabo voda, pa tudi monitoring meteoroloških, hidroloških in ekoloških elementov, spremljanje stanja geoloških, seizmoloških in drugih geofizikalnih pojavov.
Kot so sporočili z ministrstva, bo agencija obdržala vse strokovne pristojnosti in naloge vseh dosedanjih organov v sestavi ministrstva. To pomeni, da nobeno od vsebinskih delovnih področjih, ki jih posamezni organi pokrivajo po trenutni zakonski ureditvi, z ustanovitvijo agencije za varstvo okolja ne bo ukinjeno, še navajajo v ministrstvu.
