Trajna usmeritev v varstvo okolja zahteva, da razmišljanje o varovanju okolja preveva vse funkcije in vse zaposlene v podjetju. Nadzorovan in čim manj neugoden vpliv dejavnosti na okolje je za mednarodno podjetje ključnega pomena ne le za domače, ampak tudi tuja tržišča, na katerih deluje, poudarjajo v sporočilu za javnost. Uresničevanje predpisov okoljevarstvene zakonodaje je večinoma predpogoj za nastop na posameznih trgih. Zato so se v Krki kljub dolgoletnemu aktivnemu odnosu do varstva okolja in dejstvu, da ima podjetje proizvodne in ostale funkcije že certificirane po GMP in ISO standardih, odločili, da dosedanje kakovostno ravnanje v letu 2001 nadgradijo s sistemom ravnanja z okoljem.
S pomočjo sistema ISO 14001 so v podjetju oblikovali jasen sistemski pristop, ki povezuje vse obstoječe segmente varovanja okolja in vzpostavili okoljsko planiranje, prepoznavanje izrednih dogodkov ter njihovo obvladovanje, spremljanje okoljskih parametrov ter komuniciranje z javnostmi. Tako se bodo še hitreje odzivali na neprestane spremembe, na nove tehnološke rešitve in znanstvena dognanja. Sistem bo omogočal vzdrževanje kakovosti okolja, zmanjševanje vplivov dejavnosti nanj, boljše medsebojno poznavanje in razumevanje ter povečal zaupanje okolja v podjetje.