Univerzitetna uprava je namreč kršila predpise in pogodbena določila oz. nenamensko trošila proračunska sredstva, negospodarno ravnala z javnimi sredstvi in uporabljala tako nezaščiteni računalniški program za evidentiranje poslovnih dogodkov, da se je lahko posegalo v podatkovno bazo ter pretrgalo kronološko zaporedje vknjižb mimo zakonitih knjigovodskih pravil.
Drugostopenjski senat računskega sodišča je ugotovil vrsto nepravilnosti, ki po njegovem kažejo na to, da je univerzitetna uprava kršila predpise in pogodbena določila oz. nenamensko trošila proračunska sredstva.
Kot je pojasnjeno v poročilu, je univerzitetna uprava zadržala 3,4 odstotka sredstev od vsakega nakazila ministrstva za znanost in tehnologijo za raziskovalne projekte in mlade raziskovalce v skupni vrednosti 8,9 milijona tolarjev. Poleg tega je plačevala najemnine pravnim osebam v vrednosti štiri milijone tolarjev in porabila za pokrivanje stroškov rektorata del sredstev Rektorjevega sklada - v vrednosti 46 milijonov tolarjev -, kar ni v skladu z Merili in kriteriji za delitev sredstev iz Rektorjevega sklada UM.