Računsko sodišče v svojem mnenju potrjuje ugotovitve prvostopenjskega organa, da so razkrite napake v izkazovanju odhodkov v bilanci prihodkov in odhodkov v višini 2,4 milijarde tolarjev pomembne. Bilanca prihodkov in odhodkov za leto 1999 je v delu, ki se nanaša na odhodke, nepravilna, piše v odločitvi računskega sodišča. Izvrševanje proračuna ministrstva za leto 1999 pa je bilo obremenjeno z veliko in velikimi nepravilnostmi, poudarja v odločitvi računsko sodišče. Pri tem so bile namreč razkrite nepravilnosti v višini 203,7 milijona tolarjev.
Prav tako je računsko sodišče ugotovilo nepravilnosti pri financiranju ekspertiz, in sicer v primeru pogodbe, ki jo je ministrstvo sklenilo s podjetjema Modri val in Sinergija. V nasprotju s predpisi je bil tudi pomemben delež tekočih transferov. Skratka, v letu 1999 ministrstvo ni poslovalo pravilno, poudarja v poročilu računsko sodišče.