Eko znak EU je bil v preteklosti tarča številnih kritik, zaradi počasnega prodiranja in premajhne uveljavljenosti v državah, ki imajo nacionalne programe označevanje okolju prijaznejših izdelkov, npr. nemški Modri angel.
Predsednik uprave eko označevanja EU Knud Vilby je priznal, da ima sistem še številne slabosti. Poudaril je težave zaradi razhajanj med vpletenimi, ki naj bi poskrbeli za utrditev označevanja na trgu, nesodelovanje nekaterih držav članic v programu, dolgotrajen konflikt z nacionalnimi znaki označevanje okolju prijaznejših izdelkov. Vendar, po njegovih besedah, slabosti ne predstavljajo nekaj, česar ne bi bilo mogoče odpraviti.
Tudi predsednica evropskega potrošniškega lobija BeucCharlotte de Roo je priznala neuspešnost programa eko označevanja EU. V skladu z rezultati raziskave, ki jo je opravila njena organizacija, je le četrtina vprašanih seznanjenih, kje lahko kupijo izdelke z eko znakom. Predlagala je tudi uvedbo kriterijev za pridobitev eko znaka za nove skupine proizvodov, kot so npr. mobilni telefoni, igrače.
