Na prvi skupščini bodo imenovali nadzorni svet in dvočlansko upravo nuklearke v kateri bosta ELES GEN in HEP imela po enega člana.
Slovenska in hrvaška stran se kljub začetku izvajanja meddržavne pogodbe o NEK morata dogovoriti še o datumu, ko bo sosednja država po skoraj petih letih znova začela prejemati električno energijo iz Krškega. Odprto ostaja tudi vprašanje višine odškodnine, do katere naj bi bil HEP upravičen, ker od 1. julija lani, ko je bil predviden začetek veljave meddržavne pogodbe o NEK, ne prejema električne energije iz NEK.
Slovensko-hrvaška pogodba o NEK določa lastništvo NEK v razmerju 50:50. Spremlja jo tudi družbena pogodba, ki na podlagi meddržavne pogodbe o NEK podrobno opredeljuje medsebojne odnose med pravnima naslednikoma ustanoviteljev NEK, to je družbo ELES GEN, ki je v 100-odstotni lasti javnega podjetja za prenos električne energije Elektro-Slovenija (ELES), ter Hrvaškim elektrogospodarstvom s sedežem v Zagrebu.
V 2. členu meddržavne pogodbe je zapisano, da je osnovni kapital nove družbe NEK d.o.o. 84,7 milijarde tolarjev in je razdeljen na dva enaka poslovna deleža v lasti ELES GEN in HEP. Organe družbe - skupščino, nadzorni svet in upravo; vsi so sestavljeni paritetno - opredeljuje 3. člen pogodbe, ki med drugim navaja, da ima predsednika pravico imenovati slovenski družbenik, namestnika pa hrvaški. Kadar se znotraj paritetno sestavljene uprave ne doseže soglasje, se šteje, da je sprejeta odločitev, za katero glasuje predsednik uprave. Poudariti velja, da se odločujoči glas predsednika uprave uporabi izjemoma, in sicer v primerih, ko bi nesoglasje v upravi lahko ogrozilo varnost obratovanja ali povzročilo družbi večjo škodo, sicer pa nato o odločujočem glasu sprejme ustrezne odločitve tudi nadzorni svet. Predsednika slednjega ima v skladu s pogodbo pravico predlagati hrvaški družbenik, namestnika pa slovenski.
Meddržavna pogodba o NEK je sicer začela veljati 11. marca, ko je Zagreb prejel diplomatsko noto, v kateri ga je slovenska stran obvestila, da je državni zbor ratificiral meddržavno pogodbo. Sabor je pogodbo, ki sta jo slovenska in hrvaška vlada podpisali 19. decembra 2001, ratificiral 3. julija 2002, slovenski parlament pa 25. februarja letos. Sabor je 14. marca sprejel še nekaj dodatnih sklepov. Med drugim tudi sklep, v katerem od hrvaške vlade zahteva, da pred pristojnimi institucijami sproži arbitražni ali drug postopek ter tako zaščiti hrvaške interese, v kolikor slovenska stran ne bo izvajala pogodbe.
Slovenski parlamentarci pa so k zakonu o ratifikaciji meddržavne pogodbe o NEK sprejeli dopolnilo, ki se nanaša na ravnanje z radioaktivnimi odpadki in izrabljenim jedrskim gorivom, kakor ga predvideva osnutek pristojne evropske direktive. Slovenska vlada se je z njim zavezala, da bo do konca leta 2004 sprejela program razgradnje NEK in odlaganja radioaktivnih odpadkov, do leta 2008 našla lokacijo za trajno odlagališče in ga do leta 2013 tudi zgradila.
