V štirih letih je Kobilarna Lipica v več primerih ravnala v nasprotju s predpisi in usmeritvami, ki jih mora upoštevati pri poslovanju, zato ji je računsko sodišče za pravilnost poslovanja v tem obdobju izreklo negativno mnenje. Sodišče je tudi ugotovilo, da Kobilarna Lipica z javnimi sredstvi ni ravnala smotrno.
Javni zavod je kršil zakon o Kobilarni Lipica s tem, ko ni določil števila konj v šoli jahanja in turistične črede, občini Sežana ni nakazal parkirnine v znesku 11 milijonov tolarjev, ni pridobil soglasja vlade za sklenitev najemnih pogodb in za prodajo konj ter presežke kobilarne v letih 2001 in 2002 nenamensko porabil za saniranje izgub gostinstva in turizma v skupnem znesku 107 milijonov tolarjev.
V Kobilarni Lipica so kršili tudi zakon o javnih naročilih, in sicer so javna naročila za nakup blaga in naročanje storitev oddali brez javnega razpisa v vrednosti najmanj 578 milijonov tolarjev, poleg tega niso objavili oddaje javnih naročil za 22 milijonov tolarjev v Uradnem listu. Računsko sodišče je ugotovilo tudi nepravilnosti pri obračunavanju plače v.d. direktorja med junijem 2002 in majem 2003.
Računsko sodišče je pri revidiranju smotrnosti poslovanja ugotovilo, da Kobilarna Lipica z javnimi sredstvi ni ravnala smotrno. Poleg tega ni imela ustreznega nadzora nad stroški dela in tudi ni ravnala v skladu s politiko, ki je bila začrtana z letnimi programi dela, saj je zabeležila za 180 milijonov tolarjev več stroškov dela, kot je načrtovala. V kobilarni so neupravičeno dodeljevali dopust delavcem in s tem v letu 2003 povzročili za okrog dva milijona tolarjev nepotrebnih stroškov dela.
Po ugotovitvah sodišča Kobilarna Lipica nima izdelanih meril za določanje vrednosti žrebcem in žrebicam, tj. amortizacijske osnove, da bi bil prirast vrednosti odraz realnega stanja črede. V letu 2003 ni vlagala v neopredmetena dolgoročna sredstva in zanje ni obračunala amortizacije ter s tem izkazala za 6,4 milijona tolarjev prenizke stroške poslovanja in nepravilen poslovni izid.
Računsko sodišče je za odpravo pomembnih nepravilnosti oz. nesmotrnosti zahtevalo od javnega zavoda Kobilarna Lipica predložitev odzivnega poročila. Kobilarna Lipica mora izboljšati organizacijo procesa letnega načrtovanja in poročanja ter sprejeti manjkajoče interne akte za uravnavanje poslovanja in izboljšanje kontrolnega okolja z uvedbo novih kontrol oz. okrepitev obstoječih.
