Carine, ki jih za estonske izdelke zaračunava Rusija, so dvakrat višje od običajnih, in so močno ovirale približevanje Estonije ruskemu trgu ter od leta 1995, ko jih je Rusija uvedla, predstavljajo največjo težavo v bilateralnih odnosih med državama. Po drugi strani imata Latvija in Litva že sedaj zagotovljeno preferencialno obravnavo pri trgovanju z veliko sosedo.
Številni Estonci so prepričani, da gre za politično motivirano ravnanje Rusije, ki na ta način kaže svoje nezadovoljstvo s prozahodno usmerjenostjo Estonije, z njenim približevanjem zvezi Nato in domnevno diskriminatorno politiko do številne ruske manjšine.
Če z vstopom Estonije v EU Rusija ne bo znižala carin, pravijo estonski voditelji, bo kršila sporazum z unijo iz leta 1994, v katerem se je Moskva obvezala, da vsem državam članicam daje preferencialni status. Stališču se po besedah Gonzalezove pridružuje tudi unija.
Medtem predvsem estonski poslovneži ne verjamejo, da se bodo z vstopom Estonije v EU carine z Rusijo zares znižale. "Nič se ne bo spremenilo. Našli bodo 110 načinov, da se temu izognejo," je pesimistično napovedal vodja estonske družbe za prevoz nafte Raivo Vare.
