Dnevno lahko laboratoriji opravijo več kot šest tisoč testov

V Sloveniji smo 4. marca letos zabeležili prvi primer okužbe z novim koronavirusom. Na isti dan je bilo opravljenih 51 testov, kaže Sledilnik covid-19. Število testiranih oseb se je do začetka septembra gibalo pod 2000, potem pa je začelo naraščati. Mejo 3000 testiranih smo prestopili 11. septembra, mejo 4000 testiranih pa 9. oktobra. Včeraj so v laboratorijih po državi testirali že več kot 6000 vzorcev, zato se pojavlja vprašanje, koliko vzorcev sploh lahko testirajo na dan. 

Iz Nacionalnega laboratorija za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) so sporočili, da so v oktobru opravili od 652 do 3617 testiranj dnevno, a to je le polovica vzorcev, saj drugo polovico opravi Inštitut za mikrobiologijo in imunologijo (IMI), v zelo malem obsegu pa testirajo tudi Klinika Golnik, SB Slovenj Gradec in SB Nova Gorica.

Da laboratoriji delajo noč in dan, so potrdili tudi na NLZOH, kjer pojasnjujejo, da od začetka epidemije njihovi laboratoriji niso obstali niti en dan. Ves čas delajo v smeri, da v roku 24 ur obdelajo vse vzorce, ki jih prejmejo in tako tudi prilagajajo kapacitete. To jim je uspelo tudi z nabavo aparatur, povečanjem zmogljivosti aparatur in dodatnimi zaposlitvami. Na začetku epidemije je teste na koronavirus dnevno delalo približno 20 zaposlenih na šestih lokacijah. Zdaj v sedmih NLZOH laboratorijih dela že 70 zaposlenih, pojasnjujejo. V avgustu so tako obdelali okoli 500 vzorcev dnevno, na včerajšnji dan (21. oktober) pa kar 3617. "V tem trenutku je zmogljivost NLZOH laboratorijev 3750–4000 testov dnevno," so pojasnili.

Čas, ki ga potrebujejo za analizo enega vzorca, pa je odvisen od velikosti serije vzorcev in znaša približno od štiri do pet ur. "Prejšnji teden smo ponovno analizirali pretočne čase in povprečni pretočni čas v naših laboratorijih je osem ur. Kar je odlično tudi v svetovnem merilu. Sama preiskava traja od štiri do pet ur, in pretočni čas je seveda odvisen od tega, koliko vzorcev je prišlo v laboratorij," so pojasnili. Laboratoriji v Sloveniji molekularno preiskavo na prisotnost virusa SARS-CoV-2 še vedno izvedejo znotraj 24 ur in tako beležijo enega najboljših pretočnih časov v mednarodnem prostoru.

Kakšna je cena obdelave enega vzorca?

"Kalkulacijo cene za metodo pomnoževanja nukleinskih kislin v realnem času na virus SARS-Cov-2 smo na IMI in NLZOH izvedli v skladu z modelom za izračun cene, ki ga uporabljamo že od leta 2009 in je namenjen izračunu cene za delo v normalnih razmerah. Model vključuje popis vseh potrebnih reagentov za izvedbo povprečno velike serije, popis potrebnega dela sodelavcev, merjenega v minutah, dela različnih profilov sodelavcev (tehnik, analitik, specialist, …) in vsoto, ki pokriva vse ostale stroške (ponovitve testiranja, režijske stroške, stroške energentov, amortizacije osnovnih sredstev itd.). Izračun smo pripravili v času, ko delovnega časa laboratorijev še ni bilo treba podaljševati, nabavljati dodatne opreme, ustvarjati zalog za nemoteno delovanje in validirati in nabavljati t. i. rezervnih reagentov in sistemov," so pojasnili. Skupaj stroški materiala tako znašajo 58 odstotkov celotne cene, če analizirajo posamezni vzorec, in 25 odstotkov, če analizirajo zelo velike serije. Laboratoriji teste, zato da lahko izdajo rezultat čim hitreje, izvajajo od tri- do več kot petkrat na dan, zato so velikosti serij zelo različne.

Je pa vsak vzorec pred preiskavo treba najprej ustrezno pripraviti. "Če ni v tekočem gojišču, je nanj treba naliti primerno tekočino, sledi vorteksiranje in nato pipetiranje v posodice za izolacijo virusne nukleinske kisline," opisujejo. Naslednja faza preiskave je izolacija virusne nukleinske kisline (RNK), ki se lahko izvaja ročno ali na različnih aparatih. Od načina izvedbe izolacije nukleinske kisline je odvisna vrsta in količina reagentov, ki jih pri tem uporabijo. Nato sledi faza pomnoževanja virusnih nukleinskih kislin – verižna reakcija s polimerazo (PCR) in zaznavanje namnoženih PCR produktov. Za izvedbo te faze potrebujejo ustrezne genske tarče.

Vzporedno z izvedbo testa za bolnika izvajajo tudi kontrolne postopke, za katere so potrebni taki reagenti kot za bolnikov test in dodatno še kontrolni reagenti. Zaradi kompleksnosti preiskave lahko to preiskavo izvaja samo visoko usposobljeno laboratorijsko osebje. Laboratorijsko osebje, ki izvaja vse zgoraj navedene postopke, mora pri delu uporabljati ustrezno zaščitno opremo (rokavice, maske, očala, oblačila).

Po končanem postopku morajo ves potrošni material, vzorce, reagente in zaščitno opremo varno odstraniti. Zato je treba pri ceni upoštevati tudi stroške vode, elektrike, plina, komunalnih storitev, odvoza infektivnih odpadkov in druge režijske stroške (informatiki, računovodstvo, tehnična služba, vzdrževanje stavb, sistemov ipd.). V kalkulaciji se upošteva tudi strošek amortizacije opreme.

Zaradi kompleksnosti in variabilnosti pri izvedbi preiskave (na katero vplivata dobavljivost reagentov in potrošnega materiala ter različna opremljenost laboratorijev) ni možna enotna podrobna specifikacija, saj je cena v državi enotna, ne glede na to, ali jo laboratorij izvaja v eni ali treh izmenah. Prav tako je cena ista, če je v seriji izveden eden ali 90 testov, še pojasnjujejo. Laboratorij mora imeti v trenutnih razmerah tudi validirane reagente za primer, če bi reagentov prvega reda iz katerih koli razlogov zmanjkalo.

Klasični molekularni test, ki ga izvajajo v serijah, v slovenskih laboratorijih že od začetka epidemije stane 65 evrov, hitri molekularni test pa zaradi višje cene reagenta 109,5 evra.