Korona

Superračunalnik mariborske univerze pomaga pri iskanju zdravila za covid-19

Maribor, 14. 04. 2020 09.40 |

PREDVIDEN ČAS BRANJA: 2 min

V okviru svetovnega projekta Folding@home (F@H), v katerega je vključena tudi Univerza v Mariboru, raziskovalci proučujejo oblikovanje proteinov ter njihov vpliv na razne bolezni z uporabo najnaprednejših simulacijskih modelov in računskih tehnik porazdeljenega računalništva. Vse od izbruha novega koronavirusa so vsi trudi usmerjeni prav v iskanje protiteles za zdravljenje tega virusnega obolenja.

Vse od izbruha pandemije novega koronavirusa SARS-CoV-2, ki povzroča bolezen covid-19, poteka še posebej intenzivno iskanje protiteles za zdravljenje tega virusnega obolenja. V te napore je s svojo infrastrukturo vključeno tudi Slovensko nacionalno superračunalniško omrežje (SLING). 

Superračunalnik Univerze v Mariboru z delovnim imenom Maister
Superračunalnik Univerze v Mariboru z delovnim imenom Maister FOTO: HPC Rivr

Poleg superračunalnikov na Inštitutu Jožef Stefan in ARNES je bistven tudi prispevek superračunalnikov konzorcija HPC RIVR na Fakulteti za informacijske študije v Novem mestu ter Univerzi v Mariboru, kjer največji javni prototipni superračunalnik HPC Maister k projektu prispeva kar 3.000 računskih jeder. SLING je med dva tisoč najaktivnejšimi skupinami izmed skupno 250.000 trenutno sodelujočih v projektu, ki skupaj zagotavljajo na okoli milijon povezanih računalnikih skupno računsko zmogljivost (okoli 1,2 exaflopsa ali 1,2 milijarde milijard računskih operacij na sekundo). Rezultati računalniških simulacij pomagajo znanstvenikom bolje razumeti obnašanje različnih oblik proteinov in s tem omogočajo hitrejše določanje njihove potrebne specifične oblike za uspešno zdravljenje številnih bolezni. V tem času še posebej pri iskanju protiteles za zdravljenje virusnega obolenja covid-19.

Kaj so proteini?

Proteini so dolge verige aminokislin, ki določajo biodinamiko živih bitij. Kot protitelesa prepoznajo invazivne elemente in imunskemu sistemu omogočijo, da se jih znebi. Da pa lahko opravijo to funkcijo, morajo zavzeti določeno obliko. V naravi to poteka samodejno v določenem časovnem obdobju, pri čemer pa uspeh ni vedno zagotovljen. 

Z razumevanjem oblikovanja proteinov pa lahko ta postopek v laboratorijih bistveno pospešijo in zagotovijo njegovo uspešnost. V zadnjih desetletjih v te namene uporabljajo zahtevne matematične modele in računalniške simulacije, s katerimi napovedujejo delovanje različnih oblik proteinov. Pri tem je treba računsko preizkusiti veliko število različnih oblik proteinskih verig in njihovih variacij, za kar je potrebna velika računska moč. Projekt Folding@home omogoča, da se to opravilo deli med številnimi razpoložljivimi računalniki različne konfiguracije po svetu, ki so povezani v računalniško omrežje. 

"Dom" mariborskega superračunalnika
"Dom" mariborskega superračunalnika FOTO: HPC Rivr

"Izjemno smo veseli, da lahko z razpoložljivo superračunalniško infrastrukturo v okviru konzorcija HPC RIVR in SLING pomembno prispevamo k skupnim naporom svetovne raziskovalne skupnosti pri iskanju učinkovitega zdravila za zdravljenje virusnega obolenja covid-19," pravi vodja projekta HPC RIVR, prof. dr. Zoran Ren, prorektor za raziskovalno dejavnost na Univerzi v Mariboru. "Verjamemo, da bomo z združeno uporabo svetovnih superračunalniških zmogljivosti za izvajanje zahtevnih računalniških simulacij bistveno prispevali k hitrejšemu iskanju učinkovitih zdravil tako za covid-19 kot tudi za druga obolenja, ki jih lahko zdravimo s proteinskimi protitelesi," je še dodal Ren. 

Nova pasica
  • 8
  • 7
  • 6
  • 5
  • 4
  • 3
  • 2
  • 1

KOMENTARJI (24)

Opozorilo: 297. členu Kazenskega zakonika je posameznik kazensko odgovoren za javno spodbujanje sovraštva, nasilja ali nestrpnosti.

Hasi
20. 04. 2021 10.20
Matr so dobri... na F@H v SLING grupi nobeden od superracunalnikov ne premaga mojega rezultata na parih starih streznikih... res delajo k nori...
kure bedne
17. 04. 2020 21.34
+2
Zdravila za kovid NI, zato, ker bo vsko leto novi kovid in testi zdravil pač trajajo. Simpl, ko pasulj.
Drekachi24
16. 04. 2020 11.31
+0
Lucki9, v redu, pristanem na nekaj dni. Če pa mislijo iskati cepivo leto ali dve, ob vseh superračunalniki, potem ga brez teh naprav sploh nikoli ne bi našli? Ali pa superračunalniki niso primerni za te naloge, ampak kakšne druge? Pouči me, prosim!
Lucki9
17. 04. 2020 09.56
-1
Poglej ti izračuni so zelo kompleksni, molekule lahko sestavlja tudi več tisoč atomov, da se poračuna vse interakcije v materialu vsak elektron z vsakim elektronom traja zelo dolgo. Sedaj pa more to še interagirati z virusom. Nisem ekspert na podroju biologije ampak predvidevam da superračunalnik ne da rezultata to zdravilo bo delalo. Poračuna verjetno potencialno najboljše kandidate (zdravila), ki imajo visoko afiniteto do virusa. S tem zmanjša število zdravil za preizkusiti iz miljona na tisoč (čisto kot primer). Sedaj lahko vidiš kako to pohitri zadeve, če pa nobeno ne deluje imamo vsaj v katero smer naj gre sinteza, to je vsaj moja predstava. Verjetno bi slej kot prej našli tudi po tradicionalni poti, pa se ti zdi primerno, da namesto 2 let z souporabo superračunalnikov, iščemo 4 leta?
Drekachi24
15. 04. 2020 19.38
+2
Drekachi24
15. 04. 2020 19.38
+1
Superračunalniki imajo smisel in upravičujejo svoje stroške, če so hitri, najhitrejši. Pričakovali bi, da pridejo do cepiva za korona virus v največ nekaj sekundah po zagonu superpametnih programov. Oni pa packajo dneve, tedne, mesece... In črpajo davkoplačevalski denar. Raje dam šlogarici.
Lucki9
15. 04. 2020 21.56
+1
Če pridejo do cepiva v največ nekaj sekundah? Pa sej se eni zajebavate a ne? Me zanima če se zavedaš kakšni računi so to zadaj od kvantne mehanike naprej, te stvari so zelo kompleksne in traja da dobiš rezultate.
pomlad14
14. 04. 2020 11.50
+2
1. april, spomin nanj.
Skankhunt42
14. 04. 2020 11.36
+5
hahaha to bitcoine mainajo
asgard
14. 04. 2020 11.35
+1
Vse brihte ka pravite da zakaj so dali v kontejner. Poglejte si po netu kako so serverske "farme" narejene. Ko odpove določen del serverjev, zamenjajo celoten kontejner in dajo drugega zraven. Vmes gre prvi na servis....
VAREN
14. 04. 2020 11.24
+5
Le sanjajte o zdravilu. Ta škatla ga že ne bo naredila. Ko pa, če bo narejen, bo pa virus že zdavnaj mimo in ves zapravljen čas brez veze. Ebola, sars in ostali virusi se niso ponovili. A pri norcih na drugi strani luže se nikoli ne ve, kaj bodo in kdaj, spet kaj izpustil.
asgard
14. 04. 2020 11.33
-4
Misliš Kitajcih in temu njihovem CCP virusu ???
VAREN
14. 04. 2020 11.43
+1
Kitajci sami sebi ne bodo delali škodo. Torej ostane lahko samo še eden. Tisti, ki ga svilena pot od Kitajske do Rima moti že doooolgo.
Manual
14. 04. 2020 16.21
-1
Kak si pa ti pameten prava brihta si🤣😂🤣
AjdeMiPopuši
14. 04. 2020 11.03
+2
mislite superkontejner?
mobi7
14. 04. 2020 10.55
+6
Ne se sekirati.. Ko bodo Kitajci videli, da je gospodarstvo uničeno tako v Evropi kot v ZDA.., nam bodo kot sedaj maske, poslali tudi zdravilo proti virusu.......
bysaRD
14. 04. 2020 10.38
+3
Upam, da to ni ta na sliki :)
ChelseaFC :)
14. 04. 2020 10.33
+8
So res super računalnik vrgli v kontejner zraven razpadajoče hiše? 20 miljonski projekt so zapakiral v kontejner? Neverjetno.
gregggegg2
14. 04. 2020 10.22
+3
to je krinka za rudarjenje 😂
Cesar Millan - Vodja krdela
14. 04. 2020 10.33
+3
Kar neka ,če sedaj iščejo so tudi ta virus ustvarili !!! Bolano,,,
2fast4
14. 04. 2020 10.18
+1
Kapitan, z polno močjo naprej...
BOBI2008
14. 04. 2020 10.09
+6
Že 20.3. je bilo objavljeno, da je IBMov superračunalnik identificiral 77 proteinov ali drugih snovi, med katerimi naj zdaj znanstveniki iščejo cepivo. Kaj našim zdaj ni jasno? Odkrivajo toplo vodo?
thetech
14. 04. 2020 10.28
-2
A moraš že sred dopoldneva nergat? Očitno drugače ne znaš..
oježeš
14. 04. 2020 10.37
+6
Se pravi naj naši kar sedijo in čakajo na rešitev. Potem pa naj plačujejo cepivo kolikor pač bo cena. Lahko kar ukinemo razvojni inštitut?