Nepravilnosti je revizor ugotovil tam, kjer je denarja največ, to je v programu cepljenja. Poročila so pokazala razliko med ceno, ki jo je za cepiva plačal Inštitut in med ceno, ki jo je kasneje zaračunal zavodu za zdravstveno zavarovanje. Neuradni podatki govorijo o 50-ih milijonih tolarjev.
Revizijsko poročilo je Andrej Marušič, direktor inštituta za varovanje zdravja, takoj poslal na ministrstvo za zdravje. Razlike v ceni naj bi se pojavljale že prej, pravi minister Dušan Keber, vendar revizor ni natančno ugotovil, zakaj. Če sledimo ministru, bi vsota, samo v enem letu, znašala okrog 200 milijon tolarjev.
Kot uvoznik cepiv je moral inštitut pridobiti dovoljenje za uvoz od urada za zdravila, cene cepiva pa uskladiti s Pravilnikom o merilih za oblikovanje cen zdravil na debelo. V primeru, da cene ne bi bile usklajene, bi moral urad o tem obvestiti tržni inšpektorat in zavod. Ker tega ni storil, se po pravilniku šteje, da so bile cene cepiv usklajene. Če gre res za nepravilnosti, bo inštitut še v večjem negativnem finančnem stanju kot je bil pred prevzemom funkcije, pravi Marušič. Novi direktor dvomi, da bi se denar znašel v kakšnem žepu. Na potezi pa je zdaj računsko sodišče, ki bo ugotavljalo, ali je na inštitutu res prihajalo do goljufij.