Posamezno ministrstvo bo lahko po uveljavitvi tega zakona imelo največ enega državnega sekretarja, ki bo imel pri nadomeščanju ministra zelo široka pooblastila (sedanji državni sekretarji bodo to funkcijo sicer obdržali še do prvih parlamentarnih volitev). Zakon tudi natančno določa kriterije za ustanavljanje organov v sestavi ministrstev - ti bodo zadolženi za izvajanje izvršilnih nalog - ter ureja razmerja med ministrstvom in organi v sestavi.
Ministrstvo bo organu dajalo napotke, usmeritve, mu določalo okvir dela prek kadrovskega in finančnega načrta ter ga tudi nadziralo.
Poslanke in poslanci so po polemični razpravi nekoliko nepričakovano (28 glasov za, 18 proti, 48 navzočih) podprli dopolnilo skupine poslancev s prvopodpisanim Samom Bevkom (ZLSD), s katerim so iz zakonskega besedila črtali člen, po katerem bi morale upravne enote najkasneje v treh letih od uveljavitve tega zakona prevzeti naloge izpostav davčne in geodetske službe. Tej rešitvi sta sicer nasprotovala tako matični odbor za notranjo politiko kot tudi vlada.
Spomniti še velja, da je že v drugem branju obveljalo, da je v splošni del zakona vključena določba o ustanavljanju javnih agencij, medtem ko je poslanska večina na drugi strani v člen, ki govori o nadzoru nad nosilci javnih pooblastil, vnesla rešitev, da se te določbe ne uporabljajo za javne agencije (nadzor nad slednjimi namreč urejata že področna zakonodaja in tudi predlagani zakon o javnih agencijah). Vlada je tedaj tudi neuspešno predlagala, da bi izmed številnih organov in organizacij v sestavi ministrstev, ki bodo prenehali delovati - njihove naloge bodo najkasneje v enem letu od uveljavitve zakona prevzela pristojna ministrstva oziroma organi v sestavi ministrstev, ustanovljeni po novem zakonu -, izločili carinsko upravo, davčno upravo, generalštab Slovenske vojske, policijo, upravo za izvrševanje kazenskih sankcij ter upravo za zaščito in reševanje.
