Bolnišnica naj bi z dvojnim zaračunavanjem zdravila Zavod za zdravstveno zavarovanje Slovenije (ZZZS) oškodovala za več kot 20 milijonov tolarjev, zato je zavod sprožil tudi odškodninski zahtevek. V izolski bolnišnici vse očitke zavračajo in menijo, da so ravnali v skladu s pravili obveznega zdravstvenega zavarovanja, proti ZZZS pa so že pred časom sprožili tožbo.
ZZZS izolski bolnišnici očita, da naj bi jim zdravilo neupravičeno zaračunavali v letih 2000 in 2001. Dializni bolniki bi ga namreč morali dobiti že v bolnišnici, saj je vključen v ceno dialize, namesto tega pa naj bi jim zdravniki za eritropoetin predpisovali recepte. V izolski bolnišnici pa trdijo, da so ravnali v skladu s pravili obveznega zdravstvenega zavarovanja, po katerih se ampulirana zdravila predpisujejo na recept tistim bolnikom, ki si lahko zdravilo vbrizgajo sami.