Jeseni 1989 je bila SDZ soustanoviteljica demokratične opozicijske koalicije Demos in je postala njena vodilna članica. Na skupščinskih volitvah 1990 je dobila 9,5 odstotka glasov, vstopila v vlado Lojzeta Peterleta in zasedala več pomembnih ministrskih mest.
Njena raznolikost je povzročala vse pogostejša notranja politična in ideološka nesoglasja. Njen liberalnejši del je jeseni 1991 zapustil strankin tretji kongres in ustanovil demokratsko stranko, desno konservativno krilo pod vodstvom Rajka Pirnata pa je stranko preimenovalo v SDZ - Narodna demokratska stranka. Večina Demokratske stranke se je leta 1994 z nekaterimi drugimi skupinami in Liberalno-demokratsko stranko združila v Liberalno demokracijo Slovenije, medtem ko je manjšina nadaljevala samostojno pot. Pirnatovo krilo nekdanje SDZ pa se je po volilnem neuspehu leta 1992 najprej kot frakcija priključilo Slovenskim krščanskim demokratom, a kmalu izstopilo in se vključilo v Socialdemokratsko stranko Slovenije.
