Na navedbe ZRC SAZU, da se mu s programsko pogodbo zmanjšujejo sredstva v letu 2000, kar lahko celo ogrozi njegov obstoj, MZT odgovarja, da je ZRC SAZU lani imel pogodbe za projekte v obsegu 165.866 raziskovalnih ur. V letu 2000 pa na podlagi enake evalvacije in po metodologiji, ki velja za vse ostale ustanove, predlog MZT v prvi fazi predvideva izvedbo 156.384 ur. Obseg raziskovalnih ur ZRC SAZU se je torej zmanjšal za 5,7 odstotka.
Kar zadeva metodologijo, ki naj bi bila glavni krivec za krčenje obsega sredstev, MZT opozarja, da bo potrebno najti rešitev v prehodnem obdobju. Dolgoročno je rešitev povezana s takšnim obsegom proračunskih sredstev, ki bi zagotavljali primerno ceno raziskovalne ure.