Nepravilnosti so ugotovili pri sprejemanju in izvajanju splošnih aktov, pri izvedbi organizacijskih sprememb, pri sestavljanju finančnih načrtov in letnih poročil, pri sistemu notranjih kontrol, internem notranjem nadzoru, na področju pogodb o delu in pri izvedbi javnega naročila, je ministrstvo za zdravje zapisalo v izjavi za javnost.
Komisija je tako predlagala sprejem nekaterih ukrepov, ki se nanašajo predvsem na uskladitev internih aktov in na pravilno izvajanje njihovih določil, hkrati pa priporočila preverjanje poslovanja z revizijskim poročilom, sprejem vizije in poslanstva ter strateškega načrta. Za odpravo omenjenih nepravilnosti so bolnišnici določili dvomesečni rok, ministrstvo pa je še priporočilo, naj poročilo o upravnem nadzoru obravnava tudi svet zavoda.
Minister za zdravje Dušan Keber je sicer sklep o izvedbi upravnega nadzora v novogoriški bolnišnici izdal na podlagi priporočila komisije za nadzor proračuna in drugih javnih financ državnega zbora. Komisija za izvedbo upravnega nadzora pa je v okviru nadzora preverjala statutarno ureditev, notranjo organizacijo in vodenje bolnišnice, finančne načrte in letna poročila, program dela, finančno poslovanje, načrt investicij in investicijskega vzdrževanja, interne strokovne nadzore, izobraževanje zaposlenih in nekatera kadrovska vprašanja, pogodbe o delu ter javno naročanje.
Komisija je z vodstvom bolnišnice opravila tudi razgovore in pregledala dokumentacijo, ki jo je posredovala bolnišnica ter drugo dokumentacijo, ki jo je prejelo ministrstvo. Med drugim tudi vlogi, ki sta bili poslani na računsko sodišče oziroma na urad za preprečevanje korupcije. Presodila je, da ne bo podrobno obravnavala vseh navedb, na katere opozarjajo predvsem anonimne vloge, ker po obsegu in vsebini presegajo namen upravnega nadzora.
V izjavi za javnost so na ministrstvu še zapisali, da ugotavljanje zadovoljstva zaposlenih v bolnišnici ni bil namen upravnega nadzora, vendar se med opravljanjem nadzora temu ni bilo mogoče izogniti, saj več dokumentov kaže na to, da so delovni odnosi v bolnišnici slabi, kar lahko negativno vpliva predvsem na kvaliteto dela.