Komisija je ugotovila, da je bilo poslovanje na MKGP v omenjenih letih neustrezno, in ga naprosila, da ji v roku 14 dni poroča, kaj je storilo za odpravo ugotovljenih nepravilnosti in za izboljšanje poslovanja ter o ukrepih, ki jih je sprejelo proti odgovornim osebam ministrstva. Ministrstvo pa bo komisiji moralo poročati tudi o tem, ali je že vzpostavilo sistem notranjih kontrol in notranje revizije v skladu z zakonom o javnih financah in kako ta sistem deluje.
Za leto 1998 je računsko sodišče glede izplačevanja plač izdalo mnenje s pridržkom, glede vseh ostalih namenov pa negativno mnenje. Za leto 1999 pa je računsko sodišče izdalo dve mnenji, in sicer mnenje o pravilnosti ter mnenje o izkazovanju odhodkov iz proračuna ministrstva. Mnenje o pravilnosti izvrševanja proračuna ministrstva je bilo negativno, o izkazovanju proračunskih odhodkov pa je računsko sodišče izdalo mnenje s pridržkom.
Kot je pojasnila predstavnica računskega sodišča Alenka Cukon, je bil pristop k
reviziji v letih 1998 in 1999 različen, kar je posledica različne zakonodaje v omenjenih letih. Za leto 1998 je računsko sodišče podalo dve mnenji, in sicer eno posebej za plače, drugo pa za vse ostale namene. Pri oblikovanju poročila za leto 1999 pa je odhodke členilo po kotnem načrtu na investicijske odhodke in investicijske transfere ter na tekoče dohodke in tekoče transfere. Razen tega je za leto 1999 poleg mnenja o pravilnosti izvrševanja finančnega načrta izdalo tudi mnenje pravilnosti izkazovanja odhodkov. Na računskem sodišču takšen koncept revizije utemeljujejo z dejstvom, da vsaka nepravilnost, t. j. neusklajenost posamezne postavke z določbami veljavne zakonodaje, ne vpliva nujno tudi na računovodske izkaze, zato eno samo mnenje zainteresirani javnosti, zlasti državnemu zboru in davkoplačevalcem, ne bi posredovalo celovite informacije o poslovanju revidiranca.
Pri reviziji pravilnosti izplačevanja plač so se ugotovljene kršitve nanašale zlasti na zaposlovanje delavcev na delovna mesta, ki niso bila sistemizirana, ter na neizpolnjevanje predpisanih pogojev za posamezno delovno mesto. Za leto 1998 je računsko sodišče posebno pozornost posvetilo tudi analizi prerazporeditev, ki je bila opravljena pri izvrševanju proračuna. Te prerazporeditve pomenijo dopustno spremembo proračuna, ki ga je sprejel državni zbor, računsko sodišče pa je ugotavljalo, v kolikšni meri se je spremenila višina proračunskih sredstev, predvidenih za posamezen namen. Za leto 1998 je tako ugotovilo, da je bila realizacija večja od obsega namenjenih sredstev pri 23 odstotkih proračunskih postavk, ugotovilo pa je tudi primere napačne prerazporeditve sredstev, t.j. primere, ko takšna prerazporeditev po veljavni zakonodaji ni bila dovoljena.
Po mnenju računskega sodišča veljavna zakonodaja dopušča preveč možnosti prerazporejanja sredstev, kar bi bilo potrebno spremeniti na račun manj razdrobljenih proračunskih postavk oz. ohlapneje opredeljenih namenov proračunske porabe.
Na ravni posameznih izplačil je računsko sodišče za leto 1998 ugotovilo nepravilnosti pri 63 odstotkih izplačil, nanašale pa se v glavnem na roke za poravnavanje obveznosti, med drugim pa tudi na nenamensko porabo sredstev, dodelitev pomoči, ki niso bile dovoljene, nepravilno izbranega izvajalca ter nepravilno izvedeno predplačilo.
V letu 1999 pa se je večina kršitev nanašala na nespoštovanje zakona o javnih naročilih ter zakona o izvrševanju proračuna.
Predsednik komisije Andrej Bajuk je pred zaključkom seje še predlagal, da računsko sodišče poda pisno poročilo o ukrepih, ki jih je na podlagi zakonskih nalog in pristojnosti sprejelo po izdanem negativnem mnenju. Obenem je tudi opozoril, da je zakonsko določeno imenovanje revizijske družbe s strani parlamenta za revizijo računskega sodišča samega ter da bo komisija na prihodnji seji pričela z ustrezno razpravo o tem.