Ko gre za vprašanje istrskih železnic, se utegne med Slovenijo in Hrvaško znova zaplesti. V koalicijski pogodbi med drugim odpirajo precej staro vprašanje finančnih obveznosti Hrvaške do Slovenije iz naslova upravljanja s premoženjem t. i. istrskih železnic. Slovenija naj bi Hrvaški za istrske železnice izstavila račun.
Tako predsednik vlade, Janez Janša: "Mislim, da je formulacija takšna, da bomo vsekakor proučili to vprašanje. Obstajajo določeni sporazumi, ki so bili podpisani na različnih ravneh med obema državama, kar bomo pač proučili."
Istrsko progo so gradili konec 19. stoletja v času Avstro-Ogrske. Zanje so v obdobju po drugi svetovni vojni skbele Slovenske železnice oziroma Železniško gospodarstvo Ljubljana. Delavci so bili tako zaposleni v Ljubljani, pa tudi stanovanja v Istri so bila slovenska.
Ob razpadu Jugoslavije naj bi bilo s sukcesijo določeno, da so istrske železnice hrvaške. Istrske železnice pa so še danes ločene od ostalih hrvaških železnic. Dejstvo pa je tudi, da trenutno ne poslujejo prav dobro. Sosedje tega vprašanja ne bi radi odpirali, saj se pravzaprav čudijo, česa so se v koalicijski pogodbi spomnili. Če pa bi bilo nekoč potrebno reševati tudi ta zaplet, so v hrvaških medijih omenjali arbitražo.
Ostale opazke v hrvaških medijih so bile, da Slovenci z istrskimi železnicami vračamo udarec hrvaškim varčevalcev, ki še vedno od Slovenije zahtevajo svoje terjatve. Stališče slovenske vlade, tudi nove Janševe, je, da je bilo to dogovorjeno s sukcesijo in da pri vračanju denarja varčevalcem Ljubljanske banke na Hrvaškem ne bodo popuščali. Poraja se torej podobna težava, saj naj tudi Hrvaška zaradi istrskih železnic ne bi popuščala.
