Zakon med drugim določa, da se javno podjetje Slovenske železnice (SŽ) na podlagi posebnega zakona reorganizira na način, ki zagotavlja enovitost upravljanja in vodenja sistema železnic ter varnost železniškega prometa. To naj bi v SŽ po zagotovilih direktorja Igorja Zajca naredili do junija prihodnje leto (sicer pa mora Slovenija do konca leta 2001 sprejeti vse podzakonske akte in še dva zakona: o varnosti v železniškem prometu ter o pogodbah). Zakon pa tudi določa, da se bo privatizacija podjetja ali njegovih pravnih naslednikov prav tako uredila s posebnim zakonom. Obstoječa javna železniška infrastruktura tako z 31. decembrom letos prehaja v last države, transportni del pa se bo v prihodnjih letih privatiziral v skladu z omenjenim posebnim zakonom.
Nova Direkcija za železniški promet, ki bo ustanovljena kot organizacija v sestavi ministrstva za promet in zveze, bo imela sedež v Mariboru, z delom pa bo začela 1. januarja 2000.