Vavtarja je na čelo vojaške varnostno-obveščevalne službe imenoval obrambni minister Alojz Krapež, vlada pa ga je imenovala za državnega podsekretarja.
Bojan Vavtar je bil od leta 1995 zaposlen na obrambnem ministrstvu kot pomočnik direktorja OVS. Po izobrazbi je diplomirani pravnik z magisterijem na katedri za javno-upravne zadeve ljubljanske pravne fakultete. Pred zaposlitvijo na obrambnem ministrstvu je delal na ministrstvu za notranje zadeve na različnih delovnih dolžnostih.