Ostro se je odzval na, po njegovem mnenju očitno politično agitacijo cerkve, oziroma na kritiko šolskega sistema, ki jo je izrekel ljubljanski nadškof in metropolit Rode.
Naša šolska zakonodaja, po besedah Pahorja ne odstopa od zakonodaje v drugih evropskih državah, ki ločujejo cerkev in državo. Če pa bodo ocenili, da od tega načela odstopa sporazum s svetim sedežem, ki ga je vlada podprla,pa bodo predlagali referendum.