Celjski muzej se programsko povezuje tudi z Novim mestom. Danes so novinarje obvestili, da bo v marcu in aprilu 2000 v Celju gostovala razstava o Leonu Štuklju. Celjski muzej poleg tega obiskovalcem nudi enodnevne organizirane obiske obeh mest in muzejev z eno vstopnico.
Vse odkar je bil sprejet zakon o žrtvah vojnega nasilja, se posamezniki ter administrativni organi na muzej obračajo s prošnjami za posredovanje različnih dokumentov oz. dokazil. V letu 1994 so obravnavali samo 21 prošenj, letos pa do zdaj 113.