Pogodbo so slovenski in hrvaški pogajalci uskladili konec junija na Brionih. Še posebej naj bi bile škodljive točke, ki se nanašajo na razgradnjo nuklearke ter odlaganje radioaktivnih odpadkov iz nuklearke, menijo člani nadzornega odbora sklada, ki zato državnemu zboru predlagajo, naj pogodbe v takšni obliki ne ratificira.
Nadzorni odbor sklada za financiranje razgradnje NEK je na seji 12. septembra ugotovil, da se zaradi nedorečenosti pri rešitvah za razgradnjo in odlaganje radioaktivnih odpadkov ter izrabljenega jedrskega goriva največji del odgovornosti z gospodarskega stališča ter s stališča varovanja okolja dejansko prelaga na bodoče rodove. Pred mednarodno skupnostjo pa so vse obveznosti, predvsem pa vsa odgovornost, na strani Republike Slovenije.
Pogodba prav tako ne upošteva razvrednotenja prostora, na katerem stoji NEK. Poleg tega ne opredeljuje upravičenosti do odškodnine za prebivalce in lokalne skupnosti, katerih prostor je razvrednoten. Pogodba po mnenju sklada tudi praktično odpisuje vsa sredstva, ki jih nuklearka dolguje skladu za prodano električno energijo. Skupen dolg nuklearke do sklada znaša na dan 31. avgust 2001 9,2 milijarde tolarjev, od česar je 8,5 milijarde tolarjev dolga iz naslova dobavljene električne energije hrvaškemu elektrogospodarstvu v preteklosti. Iz sklada so še opozorili, da se bodo z uveljavitvijo pogodbe razveljavile vse obveznosti nuklearke do sklada, kar pomeni, da dolgovanih obveznosti ne bo mogoče izterjati.
Slovenska in hrvaška vlada sta osnutek sporazuma o nuklearki, ki je bila v 70. letih zgrajena kot skupno vlaganje elektrogospodarskih podjetij obeh držav, potrdili 19. julija, dan pozneje pa sta jo pooblaščena pogajalca Uroš Korže s slovenske in Roman Nota s hrvaške strani v Zagrebu tudi parafirala. S to pogodbo državi soglašata, da bo ustanovljena nova družba NEK d.o.o., ki bo 50 odstotkov v slovenski in 50 odstotkov v hrvaški lasti, z delom pa naj bi začela 1. januarja 2002. Pogodbo morata podpisati še predsednika vlad obeh držav, sledi pa postopek potrjevanja v slovenskem in hrvaškem parlamentu.
