Rupar je utemeljeno osumljen šestih kaznivih dejanj, ki naj bi jih storil, ko je kot tržiški župan med letoma 1999 in 2004 podpisoval študentske napotnice študentu, ki pa za občino ni nikoli delal, in mu s tem pridobil protipravno premoženjsko korist. Tudi šest kaznivih dejanj ponareditve poslovnih listin se nanaša na isto zadevo, saj je Rupar na študentske napotnice vpisoval lažne podatke o delu, ki naj bi ga opravil študent.
Naslednje kaznivo dejanje zlorabe uradnega položaja je povezano z "afero marmor", ko je Rupar leta 1999 izdal naročilnico družbi Marmor Hotavlje za gradbena dela v hiši Lada Srečnika. Račun za opravljena dela je bil izstavljen tržiški občini, Rupar pa je odobril njegovo izplačilo.
Kaznivega dejanja jemanja podkupnine je Rupar utemeljeno osumljen, ker je od direktorja podjetja Elkoterm Gregorija Debelaka zahteval pet milijonov tolarjev, v zameno za to, da je v imenu občine s podjetjem v letih 2001 in 2002 sklepal gradbene pogodbe. Poleg tega je Rupar leta 2003 podpisal pogodbo o odstopu terjatev med podjetjem Elkoterm kot odstopnikom, Tomažem Spaansem kot prevzemnikom in občino Tržič kot dolžnikom, ki pa je bila lažna. Posojilo namreč tedaj še ni bilo nakazano, lažno pogodbo pa so kljub temu vključili v pogodbo o odstopu terjatev. Maja lani pa naj bi Rupar Gregoriju Debelaku posredno zagrozil s "strelom v koleno", zato je osumljen tudi kaznivega dejanja ogrožanja varnosti.
