Osrednja tema srečanja je bila posvečena razpravi o oblikah sodelovanja na področju skupnega boja proti terorizmu in vprašanju, kako doseči, da bi se območje JV Evrope iz kriznega območja preoblikovalo v vir stabilnosti in blaginje. Rupel je v svojem govoru poudaril predvsem dejstvo, da je bila zveza Nato v desetih letih po padcu železne zavese aktivnejša pri sprejemanju držav, ki so čakale na članstvo, kot druge organizacije. Po njegovih besedah je dejstvo, da je zavezništvo nadaljevalo politiko odprtih vrat, za države Srednje, Vzhodne in Jugovzhodne Evrope prineslo pozitivno energijo.
Skupine, kot so Vilniuška skupina kandidatk za zvezo Nato in helsinška skupina kandidatk za članstvo v Evropski uniji so izraz optimizma, solidarnosti in skupnih aktivnosti, je menil minister Rupel in poudaril, da pa kandidatke pri vstopanju v Nato pogrešajo bolj vzpodbuden, prijazen in transparenten pristopni proces. S takim procesom bi zavezništvo po njegovem mnenju podprlo pozitivne, prijateljske in demokratične sile v Srednji, Vzhodni in Južni Evropi. Vlade in družbe, ki si prizadevajo za vstop, so tudi pod pritiskom sil, ki si vstopa v zavezništvo ne želijo, je še dejal Rupel in obenem zagotovil, da bo Slovenija nadaljevala prizadevanja za vstop v evroatlantske organizacije in jih niti ne bo skrivala niti spremenila.
Glede delovanja Vilniuške skupine v naslednjih mesecih do novembrskega vrhunskega zasedanja zveze Nato v Pragi, so sodelujoči na sestanku v Skopju menili, da je potrebno še naprej ohraniti takšen duh sodelovanja in solidarnost kot doslej. Pri tem je minister Rupel podprl vključitev Hrvaške v proces Akcijskega načrta za članstvo v zvezi Nato.
Zunanji ministri Vilniuške skupine so v sklepni izjavi ponovno potrdili vizijo celovite, svobodne in mirne Evrope, katere temelj je njena integracija v evroatlantske integracije. Izrazili so pričakovanje, da se bo Hrvaška kmalu priključila procesu Akcijskega načrta za članstvo, predvidoma že na ministrskem zasedanju Evroatlantskega partnerskega sveta maja letos v Reykjaviku.