Troha je vložil zahtevo za izločitev sodnice Bojane Istenič, ki ji med drugim očita, da je že v prvi obravnavi - kar je potrdilo tudi višje sodišče, ki je ugodilo njegovi pritožbi - zagrešila absolutno bistveno kršitev določb pravdnega postopka, ko je zavrnila njegov dokazni predlog, da bi neposredno zaslišali Roberta Suhadolnika, Boštjana Otoničarja in Benedikta Šamca, ne da bi obrazložila to svojo odločitev.
Poleg tega Troha sodnici očita, da pri novem sojenju ni upoštevala 15 dnevnega roka, ki ga zakon določa glede priprav na obravnavo in ni upoštevala njegove zahteve za preložitev nove glavne obravnave.
Kot je znano, je višje sodišče pred kratkim razveljavilo prvostopenjsko sodbo, po kateri bi moral Troha Janši plačati milijon tolarjev odškodnine zaradi izjave v pogovoru za dnevnik Večer januarja 2001, da je Janša pripadnikom enote Moris ukazal podstaviti eksploziv pod avtomobil poslanca Zmaga Jelinčiča, trditev pa preklicati kot neresnično. Troha se je po izreku sodbe pritožil na ljubljansko višje sodišče, to pa je sodbo razveljavilo zaradi že omenjenih absolutnih kršitev določb pravdnega postopka, zato je razveljavilo sodbo in zadevo vrnilo prvostopenjskemu sodišču v novo sojenje.
Janša je sicer v tožbi trdil, da so Trohine trditve neresnične, zato je zaradi duševnih bolečin zahteval tri milijone tolarjev odškodnine in javni preklic njegovih trditev. Prvostopenjsko sodišče je prvaku SDS v večjem delu sodbe - izrečena je bila junija lani - ugodilo, le namesto treh milijonov mu je prisodilo milijon tolarjev odškodnine.
Sodba razveljavljena zaradi "absolutnih kršitev" pravdnega postopka
Troha se je pritožil na ljubljansko višje sodišče, to pa je sodbo razveljavilo zaradi absolutnih kršitev določb pravdnega postopka, ki naj bi jih bilo okrožno sodišče zagrešilo s tem, ko je zavrnilo dokazni predlog Trohe, da bi neposredno zaslišali Roberta Suhadolnika, Boštjana Otoničarja in Benedikta Šamca, ne da bi obrazložilo to svojo odločitev. Višje sodišče mu je pritrdilo in dodalo, da je prvostopenjsko sodišče tako zagrešilo absolutno bistveno kršitev določb pravdnega postopka. Zato je razveljavilo sodbo in zadevo vrnilo prvostopenjskemu sodišču v novo sojenje.
Prvostopenjsko sodišče je sicer prebralo spis tožilstva, v katerem so zapisniki povzetkov razgovorov, ki so jih z omenjenimi pričami opravili kriminalisti in uradne osebe obrambnega ministrstva, vendar lahko sodnik prosto presoja vrednost posameznih dokazil le tedaj, če sam neposredno sodeluje pri izvajanju dokazov - le tako si lahko ustvari sliko o posebnostih posameznega dokaza, je v obrazložitvi zapisalo višje sodišče.
Ob tem pa omenjeno sodišče ni ugodilo predlogu Trohe, naj se opravi nova glavna obravnava pred drugim senatom, saj za to ni našlo utemeljenih razlogov.