Glede na prvotni odlok, ki je povzročil precejšnje nezadovoljstvo med zaposlenimi na Onkološkem inštitutu, je največ sprememb pri prehodnih določbah. Tako je vlada podaljšala rok, v katerem je potrebno statut zavoda uskladiti z odlokom, ter odločila, da bo (do)sedanji direktor opravljal poslovodno funkcijo do izteka veljavnega mandata. Natančneje pa je definirala tudi pravno kontinuiteto s sedanjim inštitutom.
Danes je tako vlada še enkrat sprejela Odlok o ustanovitvi javnega zdravstvenega zavoda Onkološki inštitut Ljubljana, ki nadomešča prejšnjega z istim naslovom. Ta je bil ene od kritik deležen tudi zato, ker se glede na njegov naslov z njim na novo "ustanavlja" Onkološki inštitut, ne govori pa se o nikakršnem pravnem nasledstvu s prejšnjim. In tako sedanji akt v prvem členu določa, da se z njim ureja delovanje, pristojnosti in obveznosti javnega zdravstvenega zavoda Onkološki inštitut Ljubljana, ki je bil ustanovljen z odlokom o preoblikovanju Onkološkega inštituta Ljubljana v javni zdravstveni zavod novembra 1992 (s kasnejšimi spremembami).
Predvidena razdelitev vodstvene funkcije na poslovodno in funkcijo vodenja strokovnega dela se ohranja, ne pa tudi določilo, da mora svet zavoda v določenem roku imenovati v.d. generalnega direktorja in v.d. strokovnega direktorja. Gre za določilo, ki je povzročilo precej razburjenja, saj je vzbudilo pomisleke, da želi vlada oziroma ministrstvo na ta način zamenjati sedanje vodstvo Onkološkega inštituta. Po danes sprejetih rešitvah bo sedanji direktor Albert Peter Fras, ki je sicer na polovici štiriletnega mandata, "opravljal poslovodno funkcijo do izteka veljavnega mandata".
Svet zavoda mora v 90 dneh od uveljavitve odloka uskladiti statut, novi organi zavoda (določeni z odlokom in statutom) pa morajo biti ustanovljeni in imenovani v 30 dneh po sprejetju sprememb in dopolnitev statuta. V tem roku se mora imenovati tudi strokovni direktor, do njegovega imenovanja pa njegove naloge opravlja delavec s posebnimi pooblastili, ki je do sedaj opravljal delo direktorja za strokovno delo.
Novost glede na aprilski odlok je še, da predstojnike - ti vodijo organizacijske enote operativnih strok, radioterapije in internistične onkologije - imenuje svet Onkološkega inštituta na podlagi javnega razpisa in po predhodnem mnenju strokovnega sveta. Prej pa bi predstojnike - ti vodijo klinične službe - imenoval svet Onkološkega inštituta na predlog strokovnega direktorja.
