Mejna kontrola bo ostala tako dolgo, dokler ne bo Slovenija polnopravno pristopila k schengenskemu sporazumu.
Za prehajanje notranjih meja bo v tem prehodnem obdobju še vedno treba imeti ustrezen veljaven dokument za prehod meje. Na notranjih mejah bo edina novost ta, da ne bo več carinikov.
Za državljane tretjih držav bodo policisti izvajali temeljito mejno kontrolo, za državljane EU, po maju 2004 torej tudi državljane Slovenije, pa t. i. minimalno kontrolo. Slednjim bodo preverili zgolj posedovanje veljavnega dokumenta za prehod meje.
Z Avstrijo in Italijo, v primeru sočasne uveljavitve schengenskega pravnega reda v Sloveniji in Madžarski pa tudi z Madžarsko, bo mejna kontrola odpravljena šele s polno uveljavitvijo schengenskega sporazuma v Sloveniji, kar pa ne bo pred letom 2006. Odprava carinske kontrole na mejah pomeni uresničitev načela prostega pretoka blaga, ki je eno od temeljnih načel EU. Mejna policijska kontrola pa je bila - tudi v primeru Avstrije - odpravljena šele, ko so države pristopile k schengenskemu sporazumu in v praksi v celoti izvajale določbe tega sporazuma.
Ob vseh novostih pa na MNZ opozarjajo, da tudi po polnopravnem vstopu Slovenije v schengenski prostor Slovenci ne bodo mogli potovati po vsej Evropi brez dokumentov. Policisti lahko namreč še vedno zahtevajo, da jim pokažejo dokumente.
Slovenski državljani lahko z osebno izkaznico potujejo v Avstrijo, Italijo, na Madžarsko in Hrvaško, v Švico, Liechtenstein in Francijo, med turistično sezono pa tudi v Črno goro. To omogočajo posebni bilateralni sporazumi, ki jih je Slovenija sklenila s temi državami. Če slovenski državljani pot nadaljujejo v schengenski prostor, kjer ni kontrole na notranjih mejah, pa je treba že na meji s sosednjimi državami pokazati potni list in zahtevati žig z datumom. Zanašanje na pravico prehoda z osebno izkaznico v sosednje države, ki niso končni cilj potovanja, lahko povzroči veliko hudih zapletov, opozarjajo na MNZ.
Dokumenti se bodo po vstopu v EU spreminjali in na novo prilagajali ob zamenjavi starih dokumentov za nove; že izdanih in veljavnih potnih listov ne bo treba zamenjati. Slovenski potni list bo po vstopu Slovenije v EU sicer malenkostno spremenjen: na platnici bo znak EU, nekatere rubrike pa bodo napisane v vseh uradnih jezikih EU. Slovenija bo postopno uskladila tudi vozniška dovoljenja (na enotnem obrazcu) in registrske tablice s standardi, ki veljajo v EU. Sem spada obvezna oznaka EU, kar avtomobilom iz držav članic olajša prehod meje.