Ivan Bizjak je politično delovanje začel leta 1989, in sicer v tedaj ustanovljeni stranki Slovenskih krščanskih demokratov (SKD). V stranki je opravljal več vidnih funkcij, do izvolitve za varuha človekovih pravic je bil podpredsednik stranke.
Leta 1990 je bil na prvih demokratičnih volitvah izvoljen za poslanca v zboru občin. Od leta 1990 do 1992 je bil predsednik zbora občin Skupščine Republike Slovenije. Med letoma 1990 in 1992 je bil član ustavne komisije Skupščine Republike Slovenije, ki je pripravila osamosvojitvene dokumente in Ustavo Republike Slovenije.
Leta 1992 je postal član parlamentarne delegacije v Parlamentarni skupščini Sveta Evrope in istega leta tudi član parlamentarne delegacije v Parlamentarni skupščini Organizacije za varnost in sodelovanje v Evropi (OVSE).
Takrat je tudi kandidiral za predsednika republike. Na volitvah je z 22 odstotki glasov med osmimi kandidati dosegel drugi najboljši rezultat. Od leta 1993 do 1994 je bil minister za notranje zadeve Republike Slovenije, septembra 1994 pa je bil izvoljen za prvega varuha človekovih pravic v Republiki Sloveniji.
Kasneje je bil tudi minister za pravosodje, leta 2005 pa je odšel v Bruselj, kjer je do leta 2011 opravljal funkcijo generalnega direktorja direktorata za pravosodje in notranje zadeve. Po vrnitvi v Slovenijo se je upokojil.
