Med glavne naloge urada sodi spremljanje stanja na področju varovanja tajnih podatkov, predlaganje varnostnih standardov ter predlaganje ukrepov za izboljšanje varovanja tajnih podatkov. Pri tem delu sodeluje zlasti z generalno policijsko upravo in obveščevalno varnostno agencijo, na področju elektronskega poslovanja pa z vladnim uradom za informatiko. Poleg funkcije izvajalca standardizacije je delo urada tudi izvrševanje sprejetih mednarodnih obveznosti in mednarodnih pogodb, pa tudi sodelovanje z ustreznimi organi EU in zveze NATO ter organi drugih mednarodnih organizacij in držav.
Kot določa zakon o tajnih podatkih, morajo osebe, ki se želijo zaposliti na področju, kjer bodo potrebovale dostop do tajnih podatkov, skozi postopek varnostnega preverjanja. Če ni varnostnih zadržkov, pristojni organ izda dovoljenje, urad pa vodi evidence izdanih dovoljenj ter evidence zaposlenih, zoper katere je bil pri postopku varnostnega preverjanja ugotovljen zadržek zoper izdajo tega dovoljenja.
Urad za varovanje tajnih podatkov pripravlja tudi predloge predpisov, potrebnih za izvajanje zakona o tajnih podatkih, daje mnenje k skladnosti splošnih aktov, ki določajo dostop do tajnih podatkov na podlagi zakona, koordinira delovanje državnih organov, pristojnih za varnostno preverjanje in opravlja druge naloge, določene s predpisi, sprejetimi na podlagi zakona.
