Zamernikova komisija je prva preiskovalna komisja, ki je svoje delo končala. Toda strogo zaupno poročilo, ki ga je sprejela po letu in pol raziskovanja, zasliševanja vpletenih in celo ogledov na terenu, ni odgovorilo na ključno vprašanje: kako sta obveščevalca sploh lahko izbubila dragoceni vohunski kombi.
Za afero Zavrč naj bi bili politično odgovorni tedanji obrambni minister Turnšek, predsednik vlade Drnovšek in tedanji zunanji minister Frlec, ki naj bi Hrvatom v zameno za vohunski kombi ponujal umik vojske s Trdinovega vrha. Ugotavljanje morebitne kazenske odgovornosti za afero pa bo poverjeno vladi oziroma kriminalistom, ki bodo imeli precej dela že s preverjanjem verodostojnosti izjav 14 prič, ki jih je zaslišala preiskovalna komisija.