Cerarjevo so za generalno državno tožilko leta 1999 podprle vse vladne stranke razen ljudske stranke, ki ji je pripadal tudi takratni pravosodni minister Tomaž Marušič. Njihova kandidatka je bila Barbara Brezigar.
Tri mesece kasneje je Marušič že predlagal razrešitev Cerarjeve. Med drugim naj bi posegala v samostojnost tožilcev, zaradi česar je odstopila Barbara Brezigar kot vodja skupine posebnih tožilcev, prav tako naj ne bi spoštovala načela delitve oblasti. Zdaj Marušič pravi, da sta bila oba s Cerarjevo žrtvi političnih sporov, ker ljudska stranka ni hotela podpreti Cerarjeve, čeprav je bil to dogovor s koalicijsko partnerico liberalno demokracijo.
"Gospa Cerarjeva je nato s svojim delom dokazala, da je vestna, marljiva, skratka, dobra delavka, saj je nenazadnje pognala v nadaljnji postopek 149 zadev iz dvomljivega lastninjenja družbenega premoženja," je povedal Marušič. Marušič je, kot pravi, zato na lastno pest umaknil predlog za razrešitev Cerarjeve.
V zadnjem času pa je največ kritik na njen račun izrekel predsednik parlamentarne preiskovalne komisije za primer novinarja Petka Mirko Zamernik. Tožilstvu očita, da ne sodeluje dovolj s komisijo, zato je celo napovedal svoj odstop. Dejal je, da je to edini način, da opozori na napake tožilstva. Kasneje je svoj odstop umaknil, njegovi komentarji o delu tožilstva pa so še vedno pikri.
"O tem sem že toliko povedal, da bi dodal le še to, da tožilstvo dela visoko strokovno in brez napak, tako da politiki tega očitno ne smemo ocenjevati. Saj tako javnomnenjske raziskave kažejo, kako nizko je zaupanje javnosti v tožilstvo," je povedal Zamernik.
Cerarjeva predvsem meni, da se politika ne sme vmešavati v delo tožilcev: "Imam to srečo, da sem izredno vpeta v delo. In kadar delam, in na tožilstvu je veliko dela, se na politiko spomnim šele takrat, ko me kaj vprašajo. Mislim, da smo postali v zadnjih treh letih moderna odzivna institucija."
Drugačnega mnenja pa so socialdemokrati, ki so že ob njeni izvolitvi opozarjali, da je politično pristranska in strokovno neprimerna. Do njenega dela so še vedno kritični, zato so podprli Zamernika, ko je napovedal odstop.
Janša je ob napovedi Zamernikovega odstopa poudaril, da bi morala v bistvu odstopiti generalna državna tožilka, sploh po njenih izjavah, da najbrž storilcev napada na Mira Petka nikoli ne bodo odkrili.
Nekateri pa menijo, da Cerarjeva dobro vodi tožilstvo. Direktor policije Marko Pogorevc meni, da od kar je Zdenka Cerar postala generalna državna tožilka, je tožilstvo postalo odzivna institucija z visokim mednarodnim ugledom. Prav Cerarjeva naj bi poskrbela, da so tožilci dobili dejansko vlogo usmerjanja policije v predkazenskih postopkih in da so se tožilci iz pisarn preselili na teren.
Mandat generalnega državnega tožilca traja šest let; Cerarjevi bo tako potekel marca 2005, vendar lahko ponovno kandidira. Govorice, da naj bi jo predčasno zamenjali zaradi neuspešnosti, naj bi bile neresnične.
Nekateri pa se sprašujejo, zakaj je Cerarjeva kmalu po tem, ko so se pojavile, sklicala novinarsko konferenco in predstavila kar nekaj odmevnih afer, ki naj bi se kmalu znašle pred sodiščem.
