K izgubi v letošnjem letu naj bi najbolj pripomogla uvedba davka na dodano vrednost (DDV). Na zavodu so namreč izračunali, da bi bili brez učinkov DDV prihodki zavoda celo višji od odhodkov, in sicer za približno 1,1 milijarde tolarjev. Zato eno od možnosti za pokritje predvidenega primanjkljaja vidijo tudi v vračilu denarnih sredstev iz proračuna. Sicer naj bi izgubo pokrili s sredstvi rezervnega sklada zavoda.
Prihodnje leto naj bi zavod imel še večjo izgubo. Finančni načrt za leto 2000, ki so ga pripravili na podlagi letošnjega poslovanja ter javno-finančnih usmeritev oz. proračunskega memoranduma za leto 2000, namreč predvideva kar 9 milijard tolarjev primanjkljaja. Glavni razlog za tako veliko izgubo je ob DDV uresničevanje določil kolektivnih pogodb za zaposlene v zdravstvu, po katerih se bodo povečale plače zdravnikov in zobozdravnikov ter ostalega medicinskega osebja.