Zlasti ker po letu 1996 cen medicinsko tehničnih pripomočkov ni preverjal na trgu, čeprav so vrednosti nabav teh pripomočkov presegale vrednostni prag osmih milijonov tolarjev in bi moral dobavitelje pripomočkov izbrati z javnim razpisom.
Pri dodeljevanju transferov za medicinsko tehnične pripomočke, za katere je zavod v letu 2001 porabil več kot 6,5 milijarde tolarjev, je revizija med drugim ugotovila, da zavod po poteku pogodbe z dobaviteljem pripomočkov za osebe z inkontinenco, podjetjem Merit, ni izvedel javnega razpisa, aneksov o podaljšanju pogodbe pa ne bi smel sklepati. Merit je sicer leta 2001 dobavil blago v vrednosti skoraj 759 milijonov tolarjev. V skladu z zakonom je bilo treba leta 2001 za vsako nabavo blaga ali storitev v vrednosti nad osem milijonov tolarjev izvesti javni razpis. Tudi izplačilo dobaviteljema slušnih aparatov in pripomočkov pri zdravljenju sladkorne bolezni, podjetjema Widex in VPD, je leta 2001 presegalo osem milijonov tolarjev, zato bi moral biti izveden javni razpis.
Po ugotovitvah računskega sodišča ni bilo pravilno niti izplačilo enkratne nagrade za uspešno poslovanje zavoda v letu 2000 generalnemu direktorju v višini nekaj več kot 700.000 tolarjev bruto in prav tako ne izplačilo enkratne nagrade za uspešno poslovanje v letu 2000 še 22 delavcem. Sodišče opozarja, da pri izplačilu nagrade generalnemu direktorju niso bili izpolnjeni pogoji za izplačilo, saj pred tem ni bilo pridobljeno soglasje komisije vlade za kadrovske in administrativne zadeve. Za izplačilo nagrade 22 zaposlenim na najodgovornejših delovnih mestih pa ni zakonske podlage, meni sodišče.
ZZZS mora v 90 dneh po prejemu revizijskega poročila predložiti računskemu sodišču odzivno poročilo, v katerem mora med drugim izkazati ukrepe, ki jih je sprejel za izboljšanje poslovanja pri oddajanju javnih naročil.
V revidiranih računovodskih izkazih zavoda za leto 2001 pa po mnenju računskega sodišča ni pomembno napačnih navedb in je zato izdalo pozitivno mnenje o računovodskih izkazih za lansko leto.
