Avstrija Sloveniji ne oporeka zgodovinskega izvora oziroma domicila lipicancev, želi pa, da bi izvorno rodovniško knjigo za tega konja vodila ena sama rejska organizacija, seveda avstrijska. Krovna rejska organizacija bi imela pravico določati pravila reje in karakteristike konja, čemur Slovenija nasprotuje. Ostro nasprotuje tudi avstrijskemu stališču, da je španska jahalna šola eno glavnih meril kakovosti lipicancev.
Seveda pri vsem tem igrajo pomembno vlogo komercialni interesi. Ker Slovenija ni članica Evropske unije, ne more postavljati nobenih zahtev do držav članic v zvezi z lipicanci. Poleg tega slovenska rejska organizacija ni na seznamu pooblaščenih rejskih organizacij tretjih držav, ki imajo pravico trgovanja z lipicanci z Unijo. Slovenija je zato, da bi zaščitila ponos slovenstva, izdala uredbo o geografski zaščiti imena lipicanec in pri Svetovni trgovinski organizaciji vložila zahtevo po lastništvu tržne znamke lipicanec.
Spor o lipicancih je Avstrija sprožila konec lanskega leta. Zavzela se je za to, da njena rejska organizacija postopoma prevzame vodenje izvorne rejske knjige za lipicance v državah Evropske unije. Slovenija je zato od Evropske komisije zahtevala, naj ne sprejme nobene odločitve v zvezi z lipicanci vse do naše vključitve v EU.