Obsojen je le še manjših prekrškov, med drugim kršitve zakonov o imigraciji in poneverbe dokumentov. Baširjevi odvetniki s sodbo niso zadovoljni, saj trdijo, da je nedolžen, zato so že napovedali pritožbo na vrhovnem sodišču.
Sodišče v Džakarti je 2. septembra Baširja obsodilo na štiri leta zapora zaradi sodelovanja pri zaroti za strmoglavljenje vlade in zaradi kršitve zakonov o imigraciji. Zaradi pomanjkanja dokazov so ga že takrat oprostili obtožb, da je vodja skrajne islamske skupine Džamaja Islamija.
Ta naj bi stala za napadom na Baliju oktobra lani, v katerem sta umrli 202 osebi, in za napadom na hotel Marriott v Džakarti avgusta letos, ki je zahteval 13 življenj. Baširja je takrat sodišče tudi oprostilo obtožb, da naj bi načrtoval umor indonezijske predsednice Megawati Sukarnoputri, ko je bila še podpredsednica.
Bašir ves čas vztraja, da je nedolžen. Že leta 1982 je sicer bil obtožen izdaje, ker je v svojih verskih nastopih govoril proti nekdanjemu indonezijskemu predsedniku Suhartu. Zaradi tega je sredi 80. let pobegnil v Malezijo. V Indonezijo se je vrnil šele leta 1999, po padcu Suhartovega avtokratskega režima.