Kot piše izraelski dnevnik Haaretz, ki se sklicuje na mednarodne obveščevalne vire, se o skrivnih zaporih zunaj ameriškega ozemlja govori že od vojne v Afganistanu pred tremi leti, vendar natančne lokacije teh zaporov niso omenjene v nobenem poročilu. V poročilu organizacije Human Rights Watch, ki omenja 'izginule' domnevne člane Al Kaide, je zapisano, da so zaprti na tako skritem mestu, da je ameriški predsednik Bush naročil Cii, naj ne poroča o skrivališču.
Večina članov in privržencev Al Kaide so sicer iz Afganistana prepeljali v oporišče Guantanamo na Kubi, manjše število pa najprej v Pakistan, odkoder so jih premestili v Jordanijo. Ni natančno znano kje v hašemitski kraljevini, kot tudi pravijo Jordaniji, so zaprti, vendar pa Haaretzovi viri domnevajo, da so skriti v enem od oporišč jordanske tajne službe.
Telesno in psihično mučenje
Pridržanje ujetnikov zunaj ozemlja ZDA omogoča Ciinim zasliševalcem uporabo metod, ki so v ZDA prepovedane, njihovo nameščanje v ZDA naklonjenim državah pa hkrati zmanjšuje možnosti, da bi informacije o zapornikih in mučenju pricurljale v javnost.
Kot poroča organizacija Human Rights Watch, ima Cia posebno dovoljenje ameriških oblasti za uporabo 'drugih zakonov' za zasliševanje jetnikov na skrivnih lokacijah. Tako naj bi bili jetniki podvrženi različnim psihičnim in telesnim mučenjem, kot so na primer simulirano utapljanje, izpostavljenost glasni glasbi, odtujevanju spanja in zapiranju v temnice.
Otroci jetnikov kot talci
Med zaprtimi v skrivališču v Jordaniji naj bi bil tudi Halid Šejk Mohamed, domnevni tretji človek Al Kaide, zadolžen za operacije. Mohameda, po poreklu iz Kuvajta, so zajeli pred dvema letoma v Pakistanu, skupaj z Jemenijem Ramzijem Al Šibom, ki naj bi bil tesen sodelavec Osame bin Ladna in ki je bil 'nesojeni' pilot enega izmed ugrabljenih letal v napadih na ZDA leta 2001.
Prav tako naj bi Cia imela zaprtega Abu Zubajdo, ki naj bi bil zadolžen za rekrutiranje novih članov Al Kaide, in Riduana Isamudina, znanega kot Hambali, ki je po poreklu Indonezijec in je edini izmed zaprtih v Jordaniji, ki ni arabskega rodu. Hambali naj bi bil zadolžen za načrtovanje operacij skrajne organizacije Džemaje Islamije, ki je med drugim odgovorna za teroristični napad na Baliju pred skoraj natančno dvema letoma.
46-stransko poročilo Human Rights Watch ostro kritizira ameriško administracijo, ker uporablja skrite lokacije in 'izginjajoče' ujetnike. Zato poročilo obtožuje ZDA kršitve vseh mednarodnih konvencij, tudi Ženevske konvencije o vojnih ujetnikih, ker zaprtim ne omogoča stikov z Rdečim križem in sorodniki. Poročilo tudi omenja, da naj bi ameriški obveščevalci imeli zaprte tudi otroke Kalida Šejka Mohameda, ki služijo kot 'talci', s pomočjo katerih želijo prisiliti njihovega očeta k sodelovanju.