Z okvirnim kompromisom o sedežu agencije je načeloma rešen spor, ki je nastal potem, ko sta Evropski parlament in Evropska komisija izrazila nasprotovanje proti namestitvi agencije v Solunu, kar so se sicer že pred časom dogovorili voditelji članic EU. Evropski poslanci in komisija so menili, da mora agencija delovati na licu mesta, saj bi bila v nasprotnem primeru neučinkovita, njeno delovanje pa precej dražje. Zaradi namestitve dela agencije so izrazili zaskrbljenost tudi Grki, saj menijo, da bi bilo delo z namestitvijo na Kosovu mnogo bolj učinkovito.
Že danes ima EU na Kosovu ekipa 19 ljudi, ki pripravljajo vse potrebno za začetek delovanja agencije. Ta bo predvidoma začela delovati v drugi polovici septembra. Sprva bo skrbela za obnovo Kosova, nato pa po načrtih prerasla v agencijo za obnovo Balkana.
