Halilovića obtožnica haaškega sodišča bremeni vojnih zločinov, ki naj bi jih vojaki pod njegovim poveljstvom zagrešili leta 1993 nad hrvaškim prebivalstvom v vaseh Grabovica in Uzdol.
Muslimanski vojaki so med ofenzivo v Grabovici na jugu BiH 8. septembra 1993 ubili 33 hrvaških civilistov, v vasi Uzdol pa je bilo 14. septembra ubitih 29 Hrvatov. Halilović je bil takrat načelnik generalštaba muslimanske vojske v BiH.
Halilović je najvišji častnik nekdanje vojske bosanskih muslimanov, proti kateremu je haaško sodišče vložilo obtožnico.