Ko je Karol Wojtyla, ki se je veliko ukvarjal s športom, leta 1978 postal vrhovni poglavar rimskokatoliške cerkve, je kar žarel od zdravja. Po atentatu maja 1981 na trgu Svetega Petra v Rimu, ko je nanj streljal turški državljan Mehmet Ali Agca, pa so se začele papeževe težave z zdravjem.
Papeža je v preteklosti pestilo več infekcij, zlom stegnenice, izpahnjena rama in tumor na črevesju. Operirati so ga morali kar šestkrat. Poleg proteze, ki so mu jo leta 1994 vstavili ob zlomu stegnenice, so njegovo gibanje dodatno omejile še težave s kolenom in kolki.
Od začetka 90. let mu je največ težav povzročala Parkinsonova bolezen. Zaradi nje je papež imel tudi težave z dihanjem zaradi česar so mu 24. februarja naredili traheotomijo, operativno odprtje sapnika. Po tem posegu pa si papež ni povsem opomogel.
Karola Wojtylo so prvič sprejeli v bolnišnico Gemelli v Rimu 13. maja 1981, potem ko je nanj streljal Mehmet Ali Agca. Streli so povzročili resne poškodbe njegovega trebuha ter desne in leve roke. S transfuzijo krvi se je v tem času papež okužil s citomegalo virusom, pogostim in relativno nenevarnim virusom, zaradi česar se je moral 16. junija istega leta vrniti v bolnišnico.
Dobrih 11 let kasneje, 15. julija 1992, so morali zdravniki papežu operativno odstraniti tumor na debelem črevesu, bolnišnico pa je zapustil 28. julija. Že naslednje leto, 11 julija 1993, se je ponovno znašel v bolnišnici, tokrat zaradi operacije desnega ramena, ki si jo je izpahnil pri padcu s prižnice med avdienco.
Po padcu v kopalnici so mu morali 29. aprila 1994 vstaviti umetni kolk, odtlej pa si je moral papež pri hoji pomagati s palico.
Med branjem poslanice Mestu in svetu (Urbi et Orbi) 25. decembra 1995 je Janez Pavel II. izgubil zavest, zdravniki pa so kot razlog za to navedli črevesno okužbo, ki je papeževo zdravje ponovno prizadela še marca in avgusta leta 1996.
Spomladi leta 1996 je papež zbolel za gripo, oktobra pa je zaradi operacije slepiča, že šestič odkar je postal papež, pristal v bolnišnici Gemelli. Tri leta kasneje se je poškodoval pri padcu v Varšavi.
Leta 2000 so postali znaki Parkinsonove bolezni že vidni, zaradi starosti in bolečin v kolenu pa je moral leta 2002 odpovedati več velikonočnih obveznosti. Septembra 2003 je moral zaradi črevesnih težav odpovedati svojo splošno avdienco v Rimu.
Papež je 1. februarja letos ponovno zbolel za gripo. V bolnišnico, kjer je moral ostati deset dni, so ga morali prepeljati zaradi akutnih težav z dihanjem. Na kliniko Gemelli se je vrnil 24. februarja, spet zaradi gripe, kjer so mu, da bi mu olajšali dihanje, zdravniki naredili traheotomijo, operativno odprtje sapnika, v katerega so mu nato vstavili plastično cevko in tako neposredno olajšali dihanje. Papež se je v Vatikan vrnil 13. marca, a je le počasi okreval.
Zaradi šibkega zdravja se Janez Pavel II. prvič v svojem 26-letnem pontifikatu letos ni udeležil velikonočnih slovesnosti, temveč je na velikonočno nedeljo zgolj blagoslovil vernike z okna delovne sobe v svojem stanovanju.
30. marca so iz Vatikana sporočili, da papeža Janeza Pavla II. hranijo s pomočjo cevke, ki so mu jo vstavili v nos, vendar so zagotovili, da Sveti oče še naprej "počasi in progresivno" okreva.
Dan kasneje se je njegovo zdravje nenadno poslabšalo, ko je mu je zastalo srce. Njegov tiskovni predstavnik Joaquin Navarro-Valls pa je v petek, 1. aprila zjutraj sporočil, da je zdravstveno stanje papeža kritično. Čeprav so nekateri mediji že v petek poročali, da je papež umrl, je papež preživel še ves dan in po poročilih iz Vatikana je bil vseskozi priseben in miren.
V soboto, 2. aprila se je papeževo stanje poslabšalo, iz Vatikana pa so sporočili, da ni več upanja na izboljšanje. Proti večeru je papež , po poročilih medijev večkrat izgubil zavest, ob 21.37 pa je umrl.
