Prizivno sodišče haaškega Mednarodnega sodišča za vojne zločine na območju nekdanje Jugoslavije je zavrnilo sodbo prvostopenjskega sodišča, da je bil Krstić glavni krivec za genocid v Srebrenici, zato so 56-letnemu generalu vojske Republike srbske za zločine v Srebrenici leta 1995 dosodili 35 in ne 46 let zaporne kazni, kot je predvidevala sodba prvostopenjskega sodišča.
Ob tem je sodišče dodalo, da njegovo vedenje za pokol tisočih Muslimanov in vpletenost njegovih enot v njihove smrti pomeni, da je kriv podpore in pomoči pri genocidu, kar je manjši zločin. "Čeprav je Krstićev zločin brez dvoma resen, pa ugotovitev, da ni imel genocidnih namenov, znatno zmanjšuje njegovo odgovornost," je dejal predsedujoči sodnik Theodor Meron.
Že pred izrekom obsodbe pa je haaško sodišče potrdilo, da je bil pokol več kot 7000 Muslimanov v Srebrenici dejansko genocid. "Sodišče je soglasno pri potrditvi, da se je v Srebrenici zgodil genocid proti Muslimanom v BiH," je dejal ameriški sodnik Theodor Meron.
Mednarodne sile v BIH (Sfor) so Krstića aretirale decembra 1998, sojenje proti njemu pa se je začelo marca 2000. Prvostopenjsko sodišče haaškega sodišča je avgusta 2001 Krstića obsodilo na 46 let zapora zaradi genocida, vojnih zločinov in zločinov proti človečnosti, generalovi odvetniki in tožilstvo pa so vložili pritožbo na to razsodbo. Odvetniki so zahtevali ublažitev kazni, češ da Krstić ni bil v Srebrenici 11. julija 1995, ko so srbske sile vdrle v nekdanjo enklavo, tožilstvo pa je za Krstića zahtevalo dosmrtni zapor.
Srebrenica, mesto na vzhodu BiH, je bila med vojno v BiH t. i. varovano območje ZN, kamor se je zateklo skoraj 30.000 Muslimanov. Vojska bosanskih Srbov pod vodstvom generalov Krstića in Ratka Mladića je ofenzivo na mesto, ki so ga varovali maloštevilni nizozemski pripadniki mirovnih sil ZN, začela 9. julija 1995. Pri tem so kot talce zajeli tudi nekaj nizozemskih vojakov. Po padcu muslimanske enklave Srebrenica 11. julija 1995 se je zgodil najhujši pokol v Evropi po drugi svetovni vojni, saj so srbske sile na območju pod zaščito ZN takrat ubile več kot 7000 Muslimanov. Pokol v Srebrenici velja za najhujšega v Evropi po drugi svetovni vojni.