Sodnik Thomas Jones, ki sicer ne bo vodil procesa, je prebral obtožnico, tožilec Robert Spencer pa je spomnil, da je najvišja zagrožena kazen za štiri točke obtožnice smrtna kazen. Moussaouijev odvetnik ni zaprosil za izpustitev iz zapora do začetka sojenja proti plačilu varščine. Moussaouija so pripeljali iz New Yorka, kjer je bil zaprt od terorističnih napadov 11. septembra naprej. Obtožen je sodelovanja v teroristični zaroti, letalskega piratstva, uničenja letala, uporabe orožja za množično uničenje, umora ameriških uslužbencev in uničenja ameriške lastnine.