Obtožnica proti Pandureviću je bila pripravljena že 2. novembra 1998, vendar je bila doslej tajna.
Pandurevića haaško sodišče obtožuje načrtnega poskusa uničenja dela muslimanskega ljudstva kot narodne, etnične in verske skupine in ga obtožuje, da je načrtoval, organiziral, ukazal in spodbujal množične poboje, ki so sledili padcu muslimanske enklave Srebrenice julija 1995.
