V obtožnici za vojno na Hrvaškem (1991-1995) je nekdanji jugoslovanski predsednik Milošević za obdobje od 1. avgusta 1991 do junija 1992 obtožen vojnih zločinov, zločinov proti človečnosti, kršenja vojnega prava in Ženevske konvencije zaradi odgovornosti za načrtovanje, ukazovanje ali pomoč pri umorih več sto hrvaških in drugih nesrbskih civilistov, za pregon 170 tisoč nesrbskih prebivalcev Hrvaške, za zaprtje na tisoče ljudi v taborišča v okviru izvajanja etničnega čiščenja z območja skoraj tretjine ozemlja Hrvaške - SAO zahodna Slavonija in SAO Krajina, ter za obstreljevanje Dubrovnika.
Med drugim je obtožen tudi za umore in pregon približno 20.000 ljudi iz Vukovarja. Tožilstvo bo moralo dokazati, da je Milošević ukazal pregon in pri tem pomagal lokalnim Srbom na Hrvaškem.
Obtožnica za BiH
V obtožnici za vojno v BiH (1992-1995) pa haaško sodišče Miloševića na podlagi osebne odgovornosti in odgovornosti kot najvišjega državnega predstavnika obtožuje genocida in udeležbe pri genocidu, zločinov proti človečnosti (vključno s pregoni, iztrebljanjem, umori, zapiranjem, mučenjem in deportacijami) in vojnih zločinov (napadi na civiliste, protipravno uničevanje, ropanje in okrutno ravnanje) proti bosanskim Hrvatom in Muslimanom med vojno v BiH, pa tudi grobih kršitev Ženevske konvencije.
Za genocid je med drugim obtožen v Bijeljini, Bosanskem Novem, Brčkem, Doboju, Foči, Sarajevu (Ilijaš in Novi Grad), pa tudi v Srebrenici, kjer je bilo leta 1995 v pokolu ubitih več kot 7000 Muslimanov.
